Buenas...
Lo primero que te recomendaría que hicieses es comprobar que no esta bloqueado el carro del escaner, es decir, que efectivamente se mueve y lee todo el recorrido y no se queda bloqueado al principio; algunos escaners tiene un botón para activar/desactivar ese bloqueo.
Si eso funciona correctamente prueba a desinstalar y reinstalar el software y los controladores del escaner.
Comprueba esas dos cosillas y ya nos cuentas...