A mí también los servidores, de vez en cuando, me desaparecían (¿el término técnico es "caerse"?). Al final opté por borrarlos todos y añadir sólo unos pocos y fiables, esos que recomiendan en todas las páginas del emule: Donkeyserver 1 y 2, Bitte Devils, Big Bang 9 y 11 y Chezz Toff (Serveur Fr). Los añadí desde esa lista tan conocida de Gruk.org, la única, por lo visto, de confianza. Desde entonces no he vuelto a tener problemas. También deshabilité en el emule las 3 opciones de autoactualizar.
Eso sí, cada vez veo que hay menos servidores en esa lista. Ahora mismo hay 48 y, estoy seguro que hace un añito había alrededor de los 100. Saludos y espero haberte ayudado.