Hola,
A priori yo no me preocuparía, todavía está en desarrollo. Implantaría las reglas en Iptables como siempre. Cuando el reemplazo llegue seguramente se podrán migrar las reglas sin más problemas, de hecho ellos prometen retrocompatibilidad. Te dejo la cita,
"Also, there is a planned compatibility layer for the translation of already existing iptables firewall rules into their nftables equivalents."
Un saludo