Para que todo se te quede tal cual, has de hacer backup de varias cosas.
Copia todos los archivos de la carpeta "temporal" del emule, y de la carpeta "config" copia los archivos:
clients.met
preferences.dat
-estos dos primeros son los mas importantes, ya que es donde estan tus creditos-
cryptkey.dat
server.met
preferences.ini
staticservers.dat
adresses.dat
emfriends.met
Guarda bien todos estos archivos. Ahora desinstala la version que tengas del eMule, y si se te queda la carpeta en Archivos de Programa, borrala. Instala ahora la nueva version copia los archivos de la carpeta temporal y de la carpeta config que habias guardado de la version anterior en las nuevas. Enciende tu eMule y todo deberia estar tal cual lo dejaste pero con la nueva version, una vez que te hayas asegurado que todo esta bien, los archivos que habias guardado ya puedes borrarlos, ya que ya los tienes en tu nuevo emule.
Y un consejo, los archivos que te he puesto de la carpeta config que debias copiar, es aconsejable que de vez en cuando hagas backup, por lo que pueda pasar, que los creditos es de lo mas importante en el emule.
Espero que te vaya bien.