En primer lugar darte la bienvenida al foro, con respecto a tú pregunta la verdad es que supongo que lo que has hecho es escanear negativos con un escanes, sin los accesorios para transparencias, en ese caso mucho me temo que sería una tarea ardua y de resultados pesimos. Lo ideal es (te lo digo pues yo es lo que hago), escanear los negativos con un escaner preparado para ello y el mismo programa te positiva los negativos como cualquier laboratorio para tener la imagen de salida lista para retocar y llevar a que la pasen a papel o imprimirlas tú mismo.