Sí , es posible que algún navegador no lea el código correctamente y no sepa interpretarlo.
Bueno , un poco bestia si puede ser que sea ...habría que investigar como afecta al posicionamiento tener la web dentro de una carpeta en lugar de en el directorio raiz 
Hombre, esto lo saque de javahispano.org y tiene un PR de 6, asi que nu se....
A mi eso no me dice mucho , no es lo mismo tener el index de la web en
http://www que tenerlo simplemente en http:// (sin las 3W) , afecta de forma distinta al PR y al posicionamiento , por lo cual deduzco que también lo hace cuando tienes la web en una carpeta y no en el directorio principal.
Creo que un buen ejemplo de lo que digo podría ser el blog de dabo , que en primera instancia era
http://www.daboweb.com/blog y luego se compró el dominio
http://www.daboblog.com/ , incluso el foro podría tener un punto o dos más de PR si fuese
http://www.daboforo.com/ en lugar de
http://www.daboweb.com/foros ... ya que quién absorbe la mayor parte del PR es el .com y no sus carpetas.
Los dominios son accesibles desde www y sin esas www , pero lo propio es hacer un redireccionamiento desde el servidor de una dirección a la otra , para la gente que use un método o el otro.
Ese código sacado de una web con PR 6 lo único que indica (a lo sumo) es que la web de procedencia es buena y el código es válido , pero nada tiene que ver con la duda que planteo
