En primer lugar darte la bienvenida y espero te encuentres agusto entre nosotros y me gustaría poder ver tus fotos, así que animate y en caso de dudas que no puedas resolver leyendo las faqs de fotografía no dudes en preguntar.
Con respecto a tú pregunta coincido con Algeck en su respuesta, es fundamental sobretodo en el uso de cámaras reflex digitales Dslr, leer en profundidad el manual de uso, para posteriormente realizar pruebas y comprobar insitu lo que lees. El problema del programa automático que aunque en un porcentaje bastante alto nos resuelve muchos problemas, es que pierdes cualquier control que puedas ejercer sobre los parametros de la toma, uno de ellos el del valor iso, que en el caso de tú cámara ejerce un papel muy importante dentro del resultado final de calidad. Una cosa que no entiendo es como indicas que con luz natural salen las imagenes magnificas, y he de suponer ya que no lo indicas que estas son en exteriores con buena luz y no en interiores. Y lo que no entiendo es como si realizas las tomas en interiores y con flash la cámara utiliza valores de iso altos, sería conveniente que nos subieras alguna imagen de muestra pues aunque no creo posible, si que me aclararias una duda sobre si tú problema es el ruido o la baja calidad de imagen que pueda deberse a tener seleccionado un formato de archivo de baja calidad y con mucha compresión.