Perdonadme porque no he estado al loro de este hilo, ya veo que está solucionado pero solo confirmar que no modifica nada del template, cuando ejecutas el comando unzip te pregunta si quieres sustituir unos por otros, tipeas "A" (de "all",todos) y listo -;)
La verdad es que el método es muy rápido y seguro y para no tener problemas con los "themes" recomiendo renombrar los temas por defecto y llamarles de otro modo para que en caso de algun update del theme no haya pegas, de todos modos yo siempre hago un tar y un backup de la base de datos por si acaso
Saludos y gracias Liam -;)