Muy buenas compi:
El el caso de windows Xp y Vista, es indiferente en el orden que lo hagas. Eso si, es importante instalar el 2 sistema operativo con el 1 arrancado y darle a instalacion nueva, seleccionas donde lo quieres instalar (otra particion o otro disco duro es indiferente) y el modificará el boot.ini
Por cierto si le echais un vistazo a ese archivo, es muy sencillo redirigir un arranque a otro disco duro o otra partición, simplemente es localizar el numero de disco duro (con 2 no hay que hacerse muchas preguntas) y el numero de partición (van numeradas del 1 al .....), el directorio de windows si no lo modificais es siempre el mismo \windows
Espero que os halla servido de ayuda
Saludos