Yo utilizo el VirtualDub para estas cosas, capturar, cortar, unir .... incluso puedes ir más allá y usar los filtros que lleva para todo tipo de cosas como ajustes de color, contraste, efectos, etc....
Creo que se puede configurar para capturar con un codec determinado, no estoy seguro y tendría que comprobarlo, y digo que creo porque yo capturo sin compresión alguna con lo cual el AVI resultante de la captura son como 1 GB y pico cada cinco minutos de vídeo, dependiendo de la cantidad de colores en pantalla, luminosidad, etc ... aproximadamente eso en un cinta de 90 minutos, unos veinte o veintipico GB.
Luego, a la hora de exportar (aquí seguro que sí) puedes seleccionar el codec de salida que quieras de todos los que tengas instalados en el equipo.
El programa puede parecer engorroso y seguramente lo sea, pero a mí al menos me es muy funcional para las cuatro cosas que hago.