Para que el flash get te pille los enlaces, no se si se podra configurar directamente, pero por lo menos, antes se podia de la siguiente manera, mientras pinchas en el enlace ten pulsada la tecla Mayus, Ctrl o Alt, no me acuerdo ahora mismo de cual, pero con alguna de estas te los cogia, de todas formas, el Firefox cuenta con su propio gestor de descargas, aunque sea sencillito.
Si configuras el Firefox como predeterminado y quieres luego volver a poner el IE, solo tienes que abrir este ultimo, detectara que no es el navegador predeterminado, y te preguntara si quieres configurarlo como tal.
En cuanto al tema de plugins, no se a cuales te referiras, yo tengo instalados los basicos, que considero son el Flash, el shockwave, y java, y me va bien.