Los sistemas de archivos fat32 y ntfs tienen cada uno sus ventajas y desventajas respecto uno del otro.
El FAT (file alocation table) es el lugar donde se aloja la información donde se encuentra cada uno de los archivos en el disco, y en el caso del sistema de archivos fat32 el disco tiene 2 fat exactamente iguales lo que hace que si por algun fallo se dañe uno de los fat aun se puede corregir y restaurar desde elotro fat
En el caso de los ntfs la cosa mejora porque no solo tiene 2 fat sino 4. aunque ya no se llamen fat, esto le da a la información mucho mas seguridad, la unica desventaja es que si accedes con un disket de booteo no veras el disco a menos que uses algun programa para poder visualizarlo, además de ello produce menos cuelgues de sistema.
Respecto al usuario, puedes ir al panel de control, usuarios y creas un nuevo usuario con el nombre que desees, dale atributos de administrador y copia toda la información de documents and settings\usuario al nuevo mis documentos del nuevo usuario igual lo del escritorio y favoritos, cuando estes seguro que todo está bien elimina el que no te sirve
Un saludo