Pues supongo que uno de ellos sera el Windows Messenger, que trae el Windows XP por defecto, otro sera el MS Messenger, y el extra, tal vez otro MS Messenger que en vez de actualizartelo te lo instalaria de nuevo.
Al menos uno de ellos podrias desinstalarlo de la siguiente manera:
Ve a Inicio - Panel de control - Agregar o quitar programas. Ahi te deberian aparecer 2 messenger, desinstala el mas antiguo.
El Windows Messenger puedes deshabilitarlo con el Safe XP, te lo puedes bajar de
www.softonic.es (ademas tiene muchas otras opciones interesantes)