Pequeño que es el mundo.
Yo también tengo un Seagate de 3 Gigas con el W98 como sistema auxiliar, y no pienso tirarlo hasta que reviente (y ya tiene 10 años).
Hace tiempo que tuve ese problema, que resolví formateándolo a bajo nivel. Aún así, si queires averigüar si tiene sectores defectuosos, untiliza el defragmentador del W98 y pásaselo. Los sectores dañados te aparecerán enseguida sin necesidad de hacerle un scandisk completo (que en estos discos significa más de tres horas rascando).
Cuando un disco duro va a fallar, normalmente se vuelve increíblemente lento y al abrir archivos aparecerá el mensaje de "...el archivo está dañado..." o "...no se encuentra el archivo..." mientras que sí aparece en el directorio, lo que significa que no lo ha escrito correctamente. Por lo general a las pocas sesiones ya no arrancará.
Como ha dicho McClaud, aprovecha antes de que sea tarde y saca copia de lo más importante.
No crees archivos comprimidos ni crees archivos nuevos, ya que corres el riesgo de que no te los escriba bien y lo que salves sea un fichero corrupto. Hazle un formateo a bajo nivel y reinstala. Si vuelve a pasar, repite el formateo. Si a la tercera no se arregla, significa que ya no tiene capacidad de escribir datos y ha pasado a mejor vida.
Eso sí, siempre puedes recuperarlo como un original pisapapeles.