Se debe desactivar para hacer una limpieza, es decir cuando estás infectado, no hay que hacerlo siempre que se escanea el PC con un antivirus.
La razón de hacerlo es que si estás infectado tus puntos de restauración también lo estarán, asi que si restauras sistema a un punto anterior después de haber hecho la limpieza recuperarías los virus (o lo que sea).
Al desactivar la opción se borran los puntos, pero insisto, solo hay que hacerlo si el equipo se infecta, en condiciones normales no tienes que hacerlo y por supuesto no es recomendable.