¿Qué programa es?
Siento no poder decirte el nombre, ya que no creo que sea muy legal nombrar, hacer o usar un portable de un programa comercial.
Creo que confundes el hecho de que el programa (.exe) vaya dentro de un archivo comprimido (.zip, o lo que sea) con ejecutar el propio .exe (doble click).
Un .exe es solo eso, un ejecutable y solo puedes ejecutarlo, ni descomprimirlo ni nada y para poder hacer cambios en el mismo necesitas un editor hexadecimal (y saber qué hacer y cómo).
http://www.google.es/search?hl=es&client=firefox-a&rls=org.mozilla%3Aes-ES%3Aofficial&hs=blZ&q=editar+exe&btnG=Buscar&meta=
O no me estoy explicando bien, o no me entiendes.
Por ejemplo, los archivos *.sfx son archivos ejecutables pero están comprimidos con winrar, pero no se necesita tener instalado winrar para descomprimirlo, con ejecutarlo vale; pero si tienes winrar puedes abrirlo y añadirle o quitarle archivos y luego salvar los cambios. Para el que no tiene winrar es un ejecutable sin más.
Casi todos los portables que tengo, al ejecutarlos o descomprimen el "programa" en una carpeta temporal que yo no me doy cuenta y luego se ejecuta automáticamente o descomprimen los archivos del programa en una carpeta que yo elijo y luego ejecuto el programa yo manualmente.
El ejecutable al que me refiero es un portable de un programa que alguien tiene instalado en su máquina y por lo que he visto, hay muchos métodos para hacer portables, buenos y chapuceros.
http://www.google.es/search?q=%C2%BFc%C3%B3mo%20hacer%20un%20portable%3FEspero que con esto te aclare un poco lo que "persigo".