Hola, lo de separarlos puede tener su lógica para ciertas situaciones, sobre el cgi, si no ejecutas nada sobre fast cgi (por ej PHP poniendo Apache en Worker o usando Ngnix, etc, o algo bajo cgi no lo acabo de ver) cada uno tiene sus "manías".
Lo de los logs sería algo así;
LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\"" combined
LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b" common
LogFormat "%{Referer}i -> %U" referer
LogFormat "%{User-agent}i" agent
Pero que vaya, es un tema menor, lo importante es configurar todo lo mejor posible para ganar estabilidad, seguridad y tiempo de respuesta