Hola!!
La cosa es sustituir la carpeta temp nueva por la vieja, mira ver donde la tienes situada en el nuevo. coges la carpeta temp antigua (las descargas sin finalizar) y la carpeta incoming (las descargas ya finalizadas) y sobreescríbelas en el nuevo emule (te dirá si quieres reemplazarlas, dile que si), luego arranca y con esto debiera valer.
Saludos y suerte.
PD.- Si tenías una buenos resultados de bajada en la anterior versión, muchos créditos etc, copia la carpeta config también.