Hola kannabizzz. Veo que mas o menos sabes como se estructura una web, pero aun así pongo un ejemplo para que quede mas clara la cosa.
ESTRUCTURAYo no soy Webmaster, pero si tuviese una web la estructura podría ser más o menos así... (así tendria la web en mi pc).

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SUBIR LA PÁGINAPara subirla, lo copiaría todo, conectaría a través de ftp con mi espacio web y lo pegaría todo (las páginas y carpetas directamente).
Los archivos html los dejaría en el directorio raiz (o por lo menos el index.html, ya que es la página principal). Y luego tendría 3 carpetas: 1 para las imágenes de la web (botones, adornos, barras separadoras, etc), otra para meter las fotos de las galerías (ahí dentro podría haber subcarpetas si tengo muchas fotos) y una de archivos, donde meteré los archivos para descargar que enlazaré en "descargas.html".
Normalmente piensa en el espacio web como en una carpeta. Si por ejemplo subo mi web a un hosting gratuito, para acceder al index o página principal sería más o menos así (si el index lo dejo en el directorio raiz):
http://www.hostinggratis.com/gepetto/index.html
Si lo subo todo con la carpeta como tu sugieres, entonces quedaría así:
http://www.hostinggratis.com/gepetto/misuperweb/index.html
*En un hosting de pago, imagino que el tema será parecido.
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ACTUALIZARLAAhora, para actualizar la web. Digamos que actualizo la galería2 añadiéndole un par de fotos. Pues edito la página galeria2.html que tengo en mi pc, añado las fotos a la carpeta fotos, conecto con el servidor y subo tan sólo lo que he modificado (galeria2.html y subo las 2 fotos nuevas a su respectiva carpeta).
*Siempre es bueno que tengas una copia exacta en tu pc de toda la web por si tuvieras que volver a subirla o si algún día quieres cambiar de hosting.
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Igual me he pasado con la explicación :oops: (no quería que me quedase tan extensa), pero bueno... espero que sirva.
Un saludo.