(bueno, va a parecer que la tengo tomada con Pegma; espero que no te parezca mal, solo expongo lo que sé sobre el tema

)
Efectivamente el disco Serial ATA es más rápido que el 133, y en cuanto a los problemas
imagino que dirás los sata2; un ata133 es igual de rápido que un sata(1), por las conocidas limitaciones del bus pci.
SATA y van de maravilla
no sé como es en windows, pero en linux especialmente los seagate son bien conocidos por enviar comandos erróneos. Tanto es asi que por defecto los drivers de las controladoras sata de sillicon image y algunas intel por defecto tratan como "inferiores" algunos discos seagate, marcándolos como black_listed y trabajar a un menor rendimiento ( desactivando LBA48 p.ej.).
Un ejemplo para el driver linux/drivers/scsi/sata_sil.c del kernel de linux ( para sillicon image 3114 p.ej.):
sil_blacklist [] = {
{ "ST330013AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST340017AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST360015AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST380013AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST380023AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST3120023AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST3160023AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST3120026AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST3200822AS", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST340014ASL", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST360014ASL", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
{ "ST380011ASL", SIL_QUIRK_MOD15WRITE },
[...]
En windows puede que sea otro cuento desde luego ... os suena haber oido algo parecido en windows???
saluetes