El problema podría ser que recién cambiada la conexión esta no sea estable del todo , podrías comprobar la velocidad de tu conexión con un test online de esos ,
http://www.cliente33.es.tdatacenter.com/Luego es lo mismo de siempre , no usar los puertos por defecto ( 4662 y 4672 ) , poner varios archivos con muchas fuentes para descargar , etc...
En cuanto a la velocidad , podrías limitar la descarga un poco , como lo veas , tampoco es relevante , pero la subida ya la limitaría a 10 ó 11 , ya que creo que a partir de 12 se hace ilimitada , algo leí en mi mula de eso , aunque la mía es una versión plus y lo mismo en otras versiones o mods no es igual.
Las fuentes déjalas sobre las 200 ó 300 por archivo , el resto de cosas no estoy muy seguro como van ya que aquí no tengo el programa instalado , pero si fuese necesario ya te lo miro por la mañana.
Yo creo que es lo primero , inestabilidad en la conexión , esto te puede durar un par de días o de semanas , a veces hay como microcortes que aunque tú no los notes si afectan directamente al emule.
Cuando me cambiaron la conexión de 256 a 512 la verdad es que me llevó un tiempecillo que la mula cogiera el paso de nuevo.
