La diferencia entre servidores con más usuarios o más archivos es solo esa , que a la hora de conectar en uno de ellos encuentra las fuentes antes , o a la hora de hacer una búsqueda de un archivo ( si tienes seleccionado búsqueda en servidor ) tienes más opciones de encontrarlo y con más fuentes ( esto mejora si usas búsqueda global , aunque la búsqueda tardará más ).
Pasados unos minutos da igual un servidor que otro ya que todos los usuarios de todos los servidores están interconectados a través de la red ed2k , pero sí , es mejor un servidor con muchos usuarios para coger antes las fuentes.
Si cambias los puertos no necesariamente vas a descargar más rápido , seguramente no lo hagas , pero es muy posible que la velocidad que alcances sea más estable , es recomendable hacerlo y si lo vas a hacer pon los puertos que prefieras , da igual los que pongas que no sean esos dos.