Hola:
Descartado parece el tema de algun virus o malware, la verdad es que no sabría asegurarte si de alguna manera tuvieras problemas con algun dispositivo hardware de tu pc... monitor, memoria, grafica o bien pudiera haber algun tipo de problema como reseñó Danae por el poco espacio libre del disco y la memoria virtual de windows o los programas que se carguen al inicio de windows, es dificil poder aconsejarte la verdad. A ver si nos dan alguna opinión al respecto y podremos llegar a buen fin..
No creo que sea un problema de temperatura pues parece que te lo hace en cualquier momento, no obstante prueba a trabajar con la tapa del pc quitada que tiene más ventilacion, pero no creo que sea el motivo :? El ventilador que dices que mete aire a la torre si esta atras arriba, quizá cuando te fuese posible podrias ponerlo al contrario para que saque el aire caliente del interior, generalmente suele ser mas recomendable ponerlo asi..
un saludo