Es la primera noticia que tengo referente a problemas en restaurar imágenes del sistema, seguramente algo no debes estar haciendo bien.
Pasando al tema de la discusión, para respaldar la configuración completa del Firefox, lo que hago es copiar las siguientes carpetas "Mozilla" y "Mozilla Firefox" ubicadas normalmete en "C\Documents and Settings\xxxxxxxx\Datos de programa" y "C\Archivos de programas", cuando tengas la nueva instalación del Firefox, todo lo que tienes que hacer es reemplazar las carpetas antes mencionadas y tendrás tu Firefox tal cual estaba, , con maradores , historial, cookies, caché, etc, etc, esta operación la realizo muy seguido debido a que tengo w9se y Xp , y en ambos tengo el FF, por lo que se me hace necesario actualizarlo permanentemente. Una cosa más, estas carpetas suelen ser bastante pesadas, así que tus respaldos debes hacerlo en CDs o DVDs.
Referente a respaldar configuraciones de otros programas, te comento que en muchos de ellos se puede hacer de la misma manera y por lo general basta con copiar la carpeta "c\Archicos de programas\xxxx", pero lógicamente antes debes tener instala la aplicación y recíén puedes proceder a reemplazar la carpeta en cuestión, en el caso concreto de la mula, no sabría decirte por que no la uso, pero si te digo que se puede hacer en el DC++.
Una recomendación final, es que hagas una imágen con por ej el Norton Ghost de tu sistema actual y luego de haber reinstalado el sistema de la forma tradicional, procedes a reemplazar las carpetas extrayéndolas de la imágen mediante el "Ghost explorer", de esta manera tienes la certeza absoluta de no haberte olvidado de respaldar algo que después resultaría imposible de recuperar.