Si pones muchas fuentes colapsarás las colas de espera , lo suyo es tenerlas en 300 , 400 por archivo , aunque sobre esto cada uno te podría decir una cosa distinta , haz pruebas y quédate con la configuración que mejor se adapte a tus gustos y/o necesidades.
Para borrar el autocompletar mira por la configuración , tiene que haber algo que ponga
Restablecer (Autocompletar) , ahí se eliminan las cadenas de búsqueda.
Y para limitar la subida igual , te aseguro que se puede hacer porque uso el emule plus , mira bien por las opciones en Preferencia , no está en el mismo sitio que en el emule oficial , pero está
