El cortafuegos (firewall) sirve, entre otras cosas, para controlar el acceso de los programas que tengas instalados a Internet. Quizá bloqueaste sin darte cuenta el Internet Explorer.
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Por lo general, deberías poder eliminar los archivos infectados sin que te cause ningun problema, aunque puede darse algun caso en el que sería más recomendable "desinfectar". Moviéndolos al "baúl", lo que haces es inutilizarlos (y si los inutilizas y todo te funciona bien, no creo que tampoco pase nada por que los elimines).