Pues eso será en Ubuntu, hombre, si eres muy paranoico con la seguridad siempre puedes tunear el router para que te muestre los puertos invisibles y permita el tráfico en los puertos del emule -
aquí, aunque personalmente con que me los muestre invisibles el
firewall más que suficiente

Lo que digo es que quizás estais dando una falsa impresión con el tema de los puertos, teniendo un buen antivirus y un firewall en condiciones y bien configurados es harto improbable que alguien te meta un troyano por un puerto que esté usando el emule, precisamente porque esos puertos en principio no deben estar a la vista.
Lo cual no quita que no te puedas bajar un troyano por el emule o dicho de otro modo un archivo que no es lo que dice ser, fake para los amigos, de ahí la importancia de tener el programa configurado para que todo lo que descargues sea analizado por el antivirus.
En cualquier caso si el tema fuese como decís resultaría absurdo buscar puertos del emule u otra aplicación, es sabido que el 99% de la gente navega por el puerto 80.