Va a ser algo de lo que dice Gepetto porque si .aMule es una carpeta oculta...
Efectivamente, en unix y los unix-like (como lo es ubuntu), los archivos y directorios cuyo nombre comienza con un "." son ocultos. Desde consola se pueden ver añadiendo la opción "-a" al comando "ls".
Desde el navegador de archivos que uses simplemente escribe la ruta a mano y entrarás dentro.
Si te parece un coñazo escribir la ruta a mano, crea un enlace simbólico (un acceso directo) que apunte hacia ese directorio. Puedes hacerlo gráficamente tanto en nautilus como en konqueror.
Desde la consola se podría hacer con un
ln -s /home/miticospot/.aMule/Incoming /home/miticospot/amule_incoming
Evidentemente tambien cabe la posibilidad de que, en las opciones de amule cambies la ruta del directorio de archivos entrantes, poniendo el que te venga en gana.
Lo de arriba lo he explicado por cuestiones didácticas

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Saludos