Reinicia en Modo seguro-->abre el Administrador de tareas-->mata todos los procesos que te permita el sistema, incluído el EXPLORER.EXE-->abre una ventana del Símbolo del sistema: ahí mismo, en el Administrador de tareas, menú Archivo, Nueva tarea, escribes CMD.EXE y aceptas-->en la ventana que se abre escribes (suponiendo que la carpeta maligna esté en C:\Documents and Settings\usuario\Mis documentos):
cd\
cd “C:\Documents and Settings\usuario\Mis documentos”
dir /a /o /p
attrib –s –h –r “carpeta maligna”
rmdir /s “carpeta maligna”
Si no hubo errores, ejecuta el EXPLORER.EXE: Administrador de tareas, menú Archivo, Nueva tarea, escribes EXPLORER.EXE y aceptas... Reinicia normal...
Además, pega un log del HijackThis...