Como bien dicen Mr_X y MClaud el sistema de FAT32 te permite acceder al disco duro desde cualquier sistema operativo o versión, la recomendación del fabricante lógicamente irá más orientada a la instalación de un Windows XP donde sí o sí deberías tener el sistema de archivos en NTFS.
En cualquier caso es tu opción tenerlo de una forma u otra, aunque lo mejor sería hacer particiones de no más de 100 GB y tener al menos una en FAT32 por lo comentado antes.
De todas formas, por si te interesa (totalmente opcional):
http://cajondesastres.wordpress.com/2007/06/19/particiones-y-discos-duros/Damos el tema por solucionado, gracias por comentarlo.
Saludos
