A ver, más o menos así pero veo algo complicado en lo que comentas. El orden de algunas cosas puede cambiar, es indiferente.
Lo único es que las grabaciones las pasas al ordenador tal cual, con VirtualDub separas audio y vídeo, tendrás dos audios y dos vídeos para una misma escena.
Con Audacity montas el audio, las dos pistas en una sola y con VirtualDub haces el vídeo con las dos grabaciones que tienes y los efectos que veas, luego unes video y audio con VirtualDub.
Audacity es un potente editor de audio y como tal tiene esa opción de "a la vez, grabar el sonido con audacity" pero si ya tendrás el audio grabado en el vídeo no necesitas usar el audacity para nada más que tratar el audio una vez extraido del vídeo. Por supuesto sería otra opción a tener en cuenta la de grabar audio y vídeo por separado con un micrófono o cualquier otro tipo de material que haya disponible como pudieran ser mesas de mezclas, sintetizadores, etc ... (aunque eso a mi ya me va algo grande)
