Para hacer una nueva copia puedes descargar encima y sobreescribir todos los archivos o descargar en otra carpeta nueva todo el contenido y luego borrar la antigua, eso ya lo haces como prefieras.
En cuanto al wp-config.php no veo la necesidad de guardarlo por separado, cuando descargas el contenido ya estás descargando todos los archivos; lo cual no quita que puedas tener todas las copias que consideres oportunas; en el PC, en una memoria USB, en un CD y/o DVD, etc ...