A ver, para un post-procesado adecuado lo mejor es trabajar con formato raw, pues este es inalterable, cualquier cambio que hagas se traslada a la información que acompaña a dicho archivo con lo que el original siempre queda intacto. La opción de raw + jpg es utilizada sobre todo en foto-periodismo donde el envío de las imágenes rápido es crucial por lo que utilizan las jpgs para su envío y el raw para su posterior procesado si es necesario. Para ti no esta justificado, mejor disparar siempre en raw.
El tema que comentas de las imágenes sepia, es normal que los jpg y las miniaturas (jpg también) se vean con el procesado sepia incluido, sin embargo los raw se deben abrir tal y como fueron tomadas en forma bruta, sin procesados salvo que así lo indiques.