Mr. Sattan,
Pues te cuento que he tenido ese caso varias veces y lo he solucionado siempre y sin dificultad con el disquete de inicio de Win98.
Enciendes el PC con el disquete puesto, eliges la opción sin compatibilidad con CD-ROM y en el simbolo del sistema escribes fdisk, sigue los pasos y elimina todas las particiones. Primero las que no son DOS luego las extendidas y al último la primaria (no puedo ser más específico porque no diste más información de las particiones). Sales de fdisk, reinicias, vuelves a fdisk, ahora creas la(s) particion(es) y formateas. Ahora podrás instalar windows sin problemas.
Inténtalo así y luego nos cuentas.
Saludos