Subir o no subir archivos dependerá del tiempo que vayan a tardar en subirse y cuanta batería te quede, por subir archivos a donde sea el portátil no va a generar un consumo excesivo; lo que te puede agotar la batería antes es ponerte a jugar a juegos, especialmente a los potentes que tiren mucho de la gráfica.
Por supuesto si no haces nada de nada la batería durará mucho más.
Lo de las tormentas ya es cosa de cada uno, yo nunca he dejado de usar el portátil, ni enchufado a la red ni con batería, por haber tormenta eléctrica, ni tampoco con el sobremesa; imagino que si estuviese en la calle o en el coche usándolo y hubiese una tormenta eléctrica si lo apagaría, pero estando a cubierto dentro de un edificio pues como que no; pero como digo es cosa de cada uno seguir o no las advertencias de seguridad del equipo (como en todo).