A veces los limpiadores de registros limpian más de la cuenta y sucede ésto o a veces algo peor.
Windows XP, no necesita tanta limpieza de registro, o al menos, si se hacen que no sean tan agresivas y siempre mirando que se borra, además, es conveniente que el programa que uses tenga la opción de copia de seguridad, para poder restaurar en caso de problemas, como es tu caso.
Es evidente, que la copia de registro de hace 2 semanas te va a restaurar a ese tiempo, pero pero lo que hayas instalado o desinstalado durante esas dos semanas no.
Te aconsejo, si decides hacer limpiezas de registro, el programa RegSeeker, que si tiene opción de copias de seguridad
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