nunca he trabajado un .ogg, pero segun entiendo has conseguido separa el video + audio + subtitulos, nop? (corrigeme si me equivoco) y ahora lo que quieres hacer es crear el video en Divx, utilizando para ello virtual Dub, (creo que es eso lo que quieres hacer, ¿verdad?)
Para multiplexar los subtitulos en el avi con el vDub tienes un filtro, que es el subtitler (Avery Lee) con el que podras poner los subtitulos en el avi, para ello tienen que estar en un formato un tanto especial, *.ssa, esto lo puedes hacer con otro soft (srt2ssa), el cual, como su nombre indica pasa los archivos *.srt a *.ssa. Una vez que hayas ajustado el tempo de los subtitulos creas el avi (sin audio).
Una vez creado el avi tienes que multiplexarle el sonido, con nandub mismo te vale (por ejemplo), eso ya no es problema.
Espero haberte ayudado, aunque no se bien cual es el problema, ya que nunca hice un ogg y llevo mucho tiempo sin hacer DivX, VCD, SVCD y DVD es a lo que ultimamente me dedico :wink:
Salu2