lamento haber hecho un rollo, a ver si lo desenredo un poco
En la carpeta de impresoras deben aparecer 2 iconos, uno de la impresora que usas normalmente para imprimir en papel que sale por el puerto lpt1 ó por el puerto usb, y la otra debe ser la del programa que genera el archivo pdf, esta ultima no estará conectada a un puerto de salida sino enviará la impresión a un archivo, hay que verificar en las propiedades hacia donde va dirigida la impresión ó a que puerto esta direccionada la impresión
Si no puedes cambiar los puertos, podrias eliminar las impresoras que aparezcan en la carpeta de impresoras y volverlas a instalar para que asuman sus puertos correspondientes