Bueno como no se si lo he entendido correctamente te explicare más o menos la forma de guardar las imagenes.
Pongamos que abres un fichero jpg en el photoshop, pues a la hora de guardar si lo haces se guardara en jpg salvo que tenga capas que te lo indicará pues ese formato no las admite. Hasta aquí correcto, pero pongamos que creamos un documento nuevo (este se abre como formato nativo psd), si le pegamos una imagen jpg, como esta abierto como psd y este formato admite las capas al darle a guardar lo haría en psd y anque le modifiques la extensión no cambiaría el formato.
Ahora pongamos que abres un fichero psd, si tú intención es guardarlo en otro formato, tendrás que utilizar la forma de "guardar como" y en este punto es donde puedes elegir de entre los formatos que dispone el ps (psd, jpg, tif, tga, bmp, pic, .......etc.) siempre teniendo encuenta lo que admite cada formato (capas, transparencias, etc).
Así que siempre que quieras cambiar el formato de la imagen abierta deberas utilizar "guardar como".