Google analytics está muy bien, da un servicio de estadísticas bastante completo pero hay que tener en cuenta algunas cosas.
El servicio de Google no es inmediato, tienes que solicitar una invitación y esperar a que te la manden, a mi me tardó como 5 semanas.
La presentación de los gráficos es en flash, si eres usuario de Windows no tendrás problemas, si usas otro sistema operativo tendrás que tener esto en cuenta.
El servicio solo está disponible para dominios de internet, es decir, tienes que tener un .com, .net, .org o punto lo que sea para que te den el servicio.
La ventaja es que una vez que tienes una invitación puedes usarala en todos los dominios que quieras, incluso puedes ponerle el sistema a algún amigo y darle acceso para que pueda ver las estadísticas.
Hay otros sitios que proporcionan estadísticas para subdominios y subdominios de tercer nivel como
http://www.estadisticasgratis.com/ http://www.sitemeter.com o
http://www.webstats4u.com/