Un subdominio es (básicamente) una carpeta dentro del alojamiento, o visto de otro modo un dominio es una carpeta y cada subdominio una subcarpeta.
Como sabrás en tu dominio puedes crear carpetas, imagenes, vídeos, musica, etc y se muestran así tudominio.com/imagenes tudominio.com/musica, etc, etc...
Con los subdominios es lo mismo pero queda más bonito imagenes.tudominio.com, musica.tudominio.com, etc... te ayuda a organizar mucho mejor tu alojamiento, especialmente si tienes un sitio grande.
Luego cada subdominio puede tener sus propias carpetas .... imagenes.tudominio.com/imagenes ... etc ... en principio el contenido es independiente, pero va ligado al dominio de forma inseparable, eso sí ...interferir no debería interferir para nada en el funcionamiento del dominio principal.