Pues si se encontraron tantos virus y un troyano, al menos, yo, pondría la información a salvo e instalaría el sistema de nuevo, no reinstalaría, puesto que si bien es posible que el sistema se recupere, también es posible que no sólo queden rastros de virus y troyanos, incluso que algún virus quede por ahí.
Pon a salvo tu información importante en cds o dvds, instala el sistema de nuevo, verifica que tu información, cuando la vayas a pasar al pc esté limpia, y una vez pasada la información, cambia todas las contraseñas, si has tenido un troyano, pese a que no dices de que tipo, puede ser que tu seguridad esté comprometida.
Saludos