Lo único que se me ocurre es que tu versión de Pinnacle pueda no reconocer correctamente los archivos y por eso te dé tantos problemas con ellos (amén de los problemas propios de los archivos en sí), la solución o soluciones pasan por ir probando programas y conversiones.
- Podrías probar renombrando a .vob, es básicamente lo mismo, pero quien sabe.
- Podrías probar con la extensión mpg y no mpeg, no debería de influir, pero igualmente quien sabe.
- Podrías probar a recomprimir los mpg a mpg con el TMPGEnc o cualquier otro programa que lo haga.
- Del mismo modo con los mpeg o mpg podrías intentar pasarlos a .avi con algún programa y ver si una vez convertidos te los coge el Pinnacle.
- Podrías probar otros programas para la autoría que no fuesen de Pinnacle, es quizás la solución "más mala" en cuanto a que tendrías que aprender el manejo de otra aplicación.
- Podrías buscar en la página de Pinnacle información sobre estos archivos por si tuvieses que instalar algún tipo de actualización o algo, o en la página de JVC.