bueno....no ha sido muy difícil...
Utiliza el método fontcolor() de los objetos strings. Te pongo un ejemplo:
<HTML>
<BODY>
<script LANGUAGE="JavaScript">
<!--
var cad1 = "Una cadena en verde";
var cad2 = "Otra cadena en azul";
document.write(cad1.fontcolor("#00FF00") + "<BR>");
document.write(cad2.fontcolor("#0000FF") + "<BR>");
//-->
</script>
</BODY>
</HTML>
Los colores los indicas en hexadecimal en formato RGB. También puedes poner nombres de colores, como "red", "green", "yellow", "black", etc.
Un saludo.