Creo que la decisión no es tecnológica sino comercial. Lo de Intel era un plan B y no les ha quedado más remedio que ejecutarlo.
IBM no fue capqaz de desarrollar el G5 al ritmo que quería Apple. Tras la firma con Nintendo, Microsoft y Sony para venderles procesadores para sus nuevas consolas, el mercado de Apple dejó de ser interesante para IBM por su tamaño comparado con el de las consolas.
Si este le sumas una Apple en pleno proceso de crecimiento de base instalada y todos los problemas que tuvo para servir G5. Llegas a la conclusión que tomaron.
El G5 es tecnológicamente superior, pero no es una via ecoómicamente viable. Quizá hubiera estado mejor usar AMD ya que sus procesadores de 64 bits son mejores que los de Intel, pero es posible que Jobs tuviese miedo a encontrarse en una via muerta similar a la de IBM.
De todas formas como dice Ripo, las aplicaciones habrá que adaptarlas y no será algo automático. Rosetta no soporta directamente instrucciones de G4 y G5 ni aplicaciones que usen Altivec, por lo que programas como Photoshop correrán peor (mientras no desarrollen una versión nativa mac-intel) en los Intel que en los PowerPC.
También queda por ver que pasa con las ventas, tendrán que vaciar almacenes antes de vender los intel, y ese será el momento de pillar un G5 a buen precio

De todas formas creo que los mac-intel estarán en el mercado antes de un año. Quizá los próximos iBook ya sean Intel inside.