La verdad es que no se a que se deberá, me da la impresión de que estes trabajando con diferentes perfiles de color, pero no tiene mucho sentido si una vez que abres el raw en el cs2 al pasarlo a jpg no te coje los cambios. En este apartado hay algo que no entiendo, cuando abres el fichero en cs2 debe de abrirse la ventana del ACR (Adobe Camera Raw), en el cual debes de ajustar los parametros pertinentes (balance de blancos, exposición, saturación, contraste, nitidez, etc......), y una vez modificados o bien pulsas done para que se guarden las modificaciones sin abrir la imagen o le das a open para que se te abra la imagen en la ventana de edición del cs2 (en formato estandar psd), y aquí es donde no entiendo cuando dices que lo guardas en jpg y me pregunto lo siguiente:
1- En la ventana de edición del ACR ¿modificas el espacio de color que te aparece?
2- ¿Es el mismo espacio de color el del ACR y el que tienes en los ajustes de color del cs2?
3- ¿Al abrirse la imagen en la ventana de edición del cs2 ya aparece sin las modificaciones de edición del ACR?
o por el contrario
4- ¿Realizas alguna edición antes de guardar la imagen en jpg?