Los .ape son archivos de sonidos comprimidos sin pérdidas de calidad, son algo así como los archivos .zip, que una vez descomprimidos el sonido se escucha sin haber sufrido merma, por lo tanto en principio no es conveniente pasarlos a otro formato como sería el caso de .mp3 que si tienen pérdidas.
Cuando se trata de un archivo .ape que viene acompañado de un pequeño archivo .cue, es señal de que está listo para ser grabado en un CD , el cue tiene por misión la de indicar los puntos de corte para la separación de las pistas de sonido, para grabarlo sin mas trámites, recomiendo bajar un plugin para que el Nero reconozca estos archivos .ape. Otra forma sería que te consigas el programa gratuito "cue Splitter"
http://www.shareup.com/CUE_Splitter-download-30218.html este programa permite separar las pistas antes de grabar y si no tienes el plugin antes mencionado, puedes usar un conversor de .ape a Wav , tal como se lo indica en la respuesta anterior
