1.-NTFS es un sistema más robusto que ofrece ventajas sobre FAT32, como son la seguridad, tamaño de archivos y/o particiones, no se fragmenta tanto, tolera mejor los fallos, etc... Te recomiendo cambiar tu disco de 10GB (me imagino que es el que tiene la instalación de Windows) y dejar el USB en FAT32 (que me imagino lo usas también como disco portátil)...
2.-Lo que no podrías hacer es usar el disco arrancando con un disquete de arranque de Win98 que no 'lee' NTFS, pero los comandos y los archivos *.BAT sí los vas a poder usar (usando el XP)...