Abre las preferencias de VLC, pestaña de "Subtítulos y OSD", una vez ahí selecciona la codificación "Europa Occidental (Windows-1252)", aplica los cambios y reinicia VLC.
Si usas la snow leopard y usas el mismo nombre en el título del archivo tanto del vídeo como del fichero de subtítulos con Quicktime X estando ambos en el mismo directorio lo detecta automáticamente y te reproduce el vídeo con los subtítulos.
Disfruta del visionado. Te recomiendo House M.D.
Saludos
Karbonato