Alguna vez hace años vi algo parecido, algunos archivos desaparecian de manera inexplicable, pero se trataba de un virus que ocultaba los archivos y dejaba solo los temporales (~$ombre de archivo), lo que hay que hacer primero es visualizar "Todos los Archivos Ocultos", visualizar la extension del archivo (sino el archivo puede tener dos extensiones) luego cambiarles de atributos (quitarle solo lectura y quitar ocultos para que se puedan trabajar pero previamente hay que limpiar la pc que casi con seguridad esta infectada